این معاونت متشکل از سه مدیریت و واحدهای ستادی به شرح زیل می باشد:

   1-   مدیریت نظارت بر مواد خوراکی،آشامیدنی و بهداشتی

شرح وظایف

•    نظارت مستمر بر فعالیت های مراکز تولید و بسته بندی مواد خوراکی ،آشامیدنی، آرایشی و بهداشتی و سردخانه ها ، انبارهای نگهداری مواد غذایی

•    نظارت بر اجرای قوانین و مصوبات فنی و بهداشتی مواد خوراکی، آشامیدنی ،آرایشی و بهداشتی و معرفی متخلفین به مراجع ذیصلاح و صدور پروانه های بهداشتی جهت واحدهای تولید کننده مواد مذکور

•    ترخیص مواد خوراکی ،آشامیدنی، آرایشی وبهداشتی از گمرک و صدور گواهی بهداشتی جهت صادرات مواد مذکور

•     رسیدگی به شکایات مردمی در مورد مواد خوراکی، آشامیدنی ،آرایشی و بهداشتی

•    آموزش همگانی در زمینه مواد خوراکی، آشامیدنی ،آرایشی وبهداشتی و همچنین آموزش مسئولین فنی کارخانجات

2-    مدیریت نظارت بر دارو و مواد مخدر

شرح وظایف

•    انجام امور قانونی مرتبط با داروخانه ها شامل صدور پروانه های تاسیس صلاحیت مسئول فنی داروخانه ها ،مسئول فنی ، تمدید پروانه های مسئولین فنی ، امتیازبندی متقاضیان تاسیس داروخانه ،صدور گواهی اشتغال بکار جهت متقاضیان و ...

•     نظارت بر نحوه عملکرد مراکز ارائه خدمات دارویی شامل انبارهای دارویی ،بیمارستانها و شبکه ها،داروخانه های بخش خصوصی و دولتی اعم از مراکز بهداشتی ، درمانی ،شهری و روستایی ، بیمارستانهای دولتی و خصوصی ،شرکتهای پخش دارویی ، بالک سازی ها و ...

•   رسیدگی به شکایات مردمی در خصوص مسائل دارویی

•   نظارت بر توزیع دارو توسط شرکتهای پخش

•    تدارک داروهای مورد نیاز استان از مراکز تولید کننده داروهای خصوصی و دولتی

•     نظارت بر توزیع شیرخشک های رژیمی و صدور حواله شیر خشک در استان

•     تهیه و توزیع داروهای مخدر مورد نیاز بیمارستانها ، مراکز درمانی ، بیماران سرطانی و صعب العلاج ، مراکز ترک اعتیاد استان و ...

•    نظارت بر نحوه مصرف داروهای مخدر بیمارستانی

•    نظارت بر مراکز تهیه و توزیع الکل

3-    مدیریت آزمایشگاه کنترل مواد خوراکی ، آرایشی و بهداشتی

شرح وظایف

•     انجام آزمونهای میکروبی ، شیمیایی و سم شناسی بر روی مواد اولیه فرآورده های غذایی،آرایشی و بهداشتی کارخانجات و کارگاههای تولیدی

•    کنترل مواد خوراکی ،آرایشی و بهداشتی وارده به کشور از طریق گمرکات و مطابقت دادن آنها با استانداردهای کشوری

•    آموزش کارآموزان مسئولین فنی کارخانجات تولیدی و ارزیابی توانایی آنها در کنترل کیفیت فرآورده های غذایی ،آرایشی و بهداشتی

•    کنترل و اجرای ضوابط استانداردهای تعیین شده جهت صدور پروانه های بهره برداری و ساخت محصولات تولیدی توسط تولید کنندگان

•   بررسی صلاحیت آزمایشگاههای مواد غذایی،آرایشی و بهداشتی کارخانجات تولیدی و آزمايشگاه همكار

•    در اختيار قراردادن امكانات آزمايشگاهي به وسيله عقد قرارداد با واحدهاي توليدي

•    آموزش دانشجويان دانشگاه علوم پزشكي جندي شاپور اهواز

•    اجراي طرح هاي PMS در ارتباط با معاونت غذا و دارو و زارت بهداشت

4-  دبیرخانه تحقیقات کاربردی

از زیر مجموعه های ستادی معاونت غذا و دارو می باشد که هدف آن ترویج فرهنگ و مصرف منطقی دارو و جلوگیری از عوارض احتمالی است و در این راستا خود به سه زیرگروه تقسیم می شود.
1- مرکز اطلاع رسانی دارو و سموم ((DPIC
این مرکز به صورت فعال از تاریخ شهریور ماه 1385 در معاونت غذا و دارو اهواز شروع بکار کرده است و پیش از این  در بیمارستان امام خمینی (ره) فعال بود ومجهز به نرم افزار بانک اطلاعاتی میکرومدکس سال 2004 می باشد که از کاملترین نرم افزارهای اطلاعات دارویی در جهان است، همچنین به کتب و سایر کتابهای مرجع در زمینه داروسازی  مجهز میباشد.  این مرکز با شماره تلفنهای 8-2234727 / 09646/ 191 آماده اطلاع رسانی و پاسخگویی به کلیه سوالات دارویی عموم مردم است .
وظایف مرکز اطلاع رسانی دارو و سموم
الف – اطلاع رسانی دارویی به عموم و گروه پزشکی در زمینه نحوه مصرف تداخلات دارویی مصرف دارو بارداری و شیردهی
ب- آموزش در زمینه مصرف دارو جلوگیری از رواج مصرف بی رویه آنها در سطح عموم مردم
ج- ارائه اطلاعات اولیه لازم به مسمومین و همراهان و کادر پزشکی در پیشگیری از عوارض سوء مسمومیتها
د- تهیه خودآموز و برگزاری سمینارهای مربوطه با امتیاز بازآموزی برای پزشکان عمومی و داروسازان
2- مرکز ثبت و بررسی عوارض ناخواسته داروها ( ADR)
   از جمله وظایف این کمیته:
الف: جمع آوری گزارشات مربوط به عوارض ناخواسته داروها
ب : برگزاری سمینار و جلسات علمی جهت افزایش آگاهی گروه پزشکی در ارتباط با عوارض ناخواسته دارویی
ج: اطلاع رسانی سریع به موقع عوارض جانبی ثبت شده در مرکز ADR در ایران به مراکز درمانی
3-کمیته تجویز و مصرف منطقی دارو
این کمیته در سال 1377 با نام کمیته علمی بررسی نسخ در مدیریت غذا و داروسابق شروع بکار نمود. وظیفه این کمیته ورود اطلاعات نسخ به صورت رایانه ای و بررسی آنها در کمیته علمی نسخ و دادن تذکرات علمی به پزشکان بود که متاسفانه این کمیته در سال 81 تعطیل شد. ولی مجددأ در سال 85 با نصب برنامه نرم افزاری پردازشگر نسخ که مورد تایید معاونت غذا و دارو وزارت بهداشت می باشد مجدداً فعالیت خود را از سرگرفت .