بخش ميكروب شناسي:
مطالعه ارگانيزم هاي ميكروسكوپي پايه علم ميكروب شناسي را تشكيل مي دهد. گروه هاي اصلي ميكروارگانيزم هاي شناخته عبارتند از باكتريها، قارچ ها ، كپك ها ، ويروسها و پروتوزوآها هستند كه باكتريها و قارچ ها مهمترين عوامل آلوده كننده مواد غذايي بشمار مي روند. مواد غذايي بسته به نوع در معرض خطر آلودگيهاي فيزيكي – شيميايي و بيولوژيكي قرار ميگرند. آلودگي مواد غذايي مشكل بزرگ جهاني است كه بشر امروز با آن روبروست . با رشد جمعيت ، كمبود غذا و صرف هزينها هاي بسيار جهت درمان بيماريهاي ناشي از آلودگي مواد غذايي شناخت آلودگي ها – روشهاي پيگيري و مبارزه با آنها ضروري است.
كارشناسان  بخش ميكروب شناسي آزمايشگاه كنترل در مقاطع دكتري -  كارشناسي ارشد – كارشناسي و كاردانی در رشته هاي دامپزشكي، ميكروبيولوژي ، تغذيه و علوم آزمايشگاهي مشغول به فعاليت هستند .
در اين بخش ضوابط و قوانين كار بر اساس جديدترين استانداردهاي مربوط به هر كدام از نمونه هاي ارسالي تعيين مي شود و براي دستورالعمل های اجرايي طبق استاندارد SOP تهيه شده است بخش ميكروب شناسي داراي قسمت در مجزاي كشت ميكروبي- محيط سازي- انكوباسيون و استريليزاسيون مي باشد .
در بخش تهيه محيط كشت انواع محيطهاي كشت ميكروبي طبق دستورالعمل هاي اجرايي و استاندارد با رعايت نكات ايمني فردي و محيطي توسط كارشناس مربوطه تهيه و پس از استريليزاسيون و گاهاً انكوباسيون به قسمت نگهداری نمونه ها ارجاع داده می شود . در این بخش علاوه بر محیط سازی ، استریلیزاسیون وسایل و ابزار مورد نياز جهت كار در بخش كشت صورت مي پذيرد.
نمونه هاي وارده به لحاظ ويژگي هاي فيزيكي و ارگانولپتيكي توسط كارشناسان مربوطه مورد بررسي و نتايج حاصله در دفتر بخش ثبت ميگردد سپس نمونه ها جهت كشت به كارشناس مربوطه ارجاع و با رعايت نكات ايمني فردي و محيطي و استفاده از محيط هاي كشت اقدام به كشت نمونه هاي ارسالي مي نمايد.
پس از كشت و نتيجه گيري و ثبت نتايج در دفاتر توسط كارشناس مربوطه برگه نتايج آزمونها تكميل و پس از تاييد مسئول بخش به دبيرخانه ارسال ميگردند.
پس از نتيجه گيري و صدور پاسخ، محيط هاي كشت كار شده جهت جلوگيري از افزايش بار آلودگي محيطي در اتوكلاو قرار داده شده و از آزمايشگاه خارج و طبق قرارداد با بيمارستانهاي دانشگاه به همراه زباله هاي بيمارستاني معدوم ميگردند .